عيوب وجود الحاسوب من الناحية الرقابية:-
1- من ناحية المدخلات : إمكانية عدم وجود المستندات الأصلية، وإمكانية إدخال عملية غير مصرح بها من قبل شخص غير مخول بالدخول .
2- من ناحية التشغيل : عدم قدرة الآلة على الحكم على النتائج ،فالحاسوب آلة صماء تنفذ حرفيا ما هو موجود بالبرنامج . فقد تحدث مفارقات غير مقبولة في المدخلات ، فقد تسجل نفقة بقيمة 2000 دولار بدلا من 20 دولار، وهذا غير وارد في حالة التسجيل اليدوي من قبل الموظف .
3- عدم إمكانية الفصل بين المهام وتركيزها داخل الحاسوب .
4- وكذلك من العيوب هو إمكانية وجود مصادر جديدة للأخطاء تتمثل في أخطاء التدقيق المنطقي حسب تعليمات البرنامج .
5- من ناحية التخزين : عدم القدرة على رؤية السجلات ومسارات المراجعة ، فهذه البيانات يتم تخزينها على وسائل تخزين بطريقة غير مرئية ، وبالتالي لا يمكن التحقق من صحة هذه البيانات .كذلك يمكن تغيير البيانات المسجلة دون ترك أي أثر أو دليل على ذلك.