يتضمن التشريع الضريبى المصرى الحالى العديد من العيوب والثغرات نوجزها فى الاتى :


(1) – زيادة نسبة الضرائب غير المباشرة عن نسبة الضرائب المباشرة
ويعتقد فريــــق كبير من رواد الفكر الضريبى أن هذا يلقى مزيدًا
من العبء على الطبقة الفقيرة والتــــى تمثل نسبة عـــالية مــــن
ممولى الضرائب غير المباشرة ، بينما يعارض فريق آخــر هذا الرأى حيث يــــرى أن هذا ليس بعيب فـــى النـظام الضــــريبى المصـــــــــرى بل ميزة لأن معظم ممولى الضـرائب المباشــرة من القطاع العام وأن أى زيادة فى نسبة الضرائب المباشرة لا تخرج عن كونها تحويلات وهذا يؤثر على التركيب الاقتصادى للدولة .


(2) – يتضمن التشريع الضريبى المصرى اعفاءات وستثناءات لبعـض الممولين لاغــراض سياسية مثل اعفاء كبار رجـــــال الأعمال وغيرهــم من بعض الضــرائب ، أو لاغـــراض تشجيع الفن الذى يتعارض مع القيـــم والمثـــل والسلــوك الســــوى مثـــل اعفــــــاء للممثلين والمغنين من الضريبة أو تخفيضها عن غيــــرهم مـــن أصحاب المهن .




(3) – عدم تــوحيد معاملة الاعبـــاء العائلية والاعفــاءات للظــروف الاجتماعية بين ممولى الضــــــرائب النوعيـة فبعض الممولين يتمتع بهذه الاعفاءات بينما لا يتمتع البعض الاخــر وهذا يعتبر إهدارا لمبدأ العدالة الضريبية

(4) – لا تتمشى الاعفـاءات للاعباء العائلية مع الارتفاع المستمر فى أســــعار ضـــروريات الحياة وهى المأكل والمشرب والملبس والمــــــأوى مما يؤدى الى تذمر صغار الممولين ذوى الدخول الثابته مـــثل الموظفين والعمال وهذا يعتبر إهدار لمبدأ المقدرة التكليفية الضريبية .


(5) – يؤدى ارتفاع أسعار بعض الضرائب إلى احجام رأس المال عن المشـاركة فى عجلة التنمية الاقتصادية ، كما يؤدى إلى التهرب مـن أداء الضريبة سواء بطرق مشروعة أو غير مشروعة ومن ناحيــة أخرى يسبب ارتفاع أسعار الضرائب الى نقص الموارد المالية الذاتية للوحدات الاقتصادية وهذا يؤدى إلى انخفاض معدل النمو والتوسع وهذا يتناقض مع الأهداف الاقتصادية للضريبة .


(6) – ليس هنـــاك منظق أو جــــدوى مالية فى الفصل بين الضرائب الاصلية والاضـــــافية ولا سيما أن كلاهما يدخل خزينة الدولة ســـواء بطريــق مباشر أو بطريق غير مباشر لآن ذلك يسبب مشاكل حسابية اجراءات إدارية ...ولذلك من المفضل دمج تلك الاسعار فى سعر واحد .


(7) – يوجد فى التشريع الضريبى المصرى المعاصر بعض الغموض مما يتيح فرصــة لكثير مــــــن الممـولين إلى التهرب مـن أداء الضريبة بطــــرق مشـــروعة وخصوصــا فئة الممــوليـن الذين يستطيعون الاستعانة بالمحاميـــن والمحـــاسبين فـــى مشــاكلهم الضـرائبية أو الذين لهم اتصالات وعلاقات شخصية تساعدهــم فى تحقيق مآربهم وهــذه الظـــــاهرة ملحوظة فى التهـــرب من الرسوم الجمركية .

(8) – أن العقوبات المفروضة على التهرب من الضريبة ليست رادعة كما أنها غير موضوعيــة ومما يـــدل على صحة ذلك أن نسبة التهرب الضريبى فى مصر عالية جدا جدا .


(9) – كثرة التعديلات بين الحين والآخر وهذا يتعارض مع مبدأ اليقين.


(10) – تأثر التشريعات الضريبية بالتشريعات الاجنبية تقليدا بدعوى مجاراة التطور والتقدم وهذا فى كثير من الاحيان لايتمشى مع أيدولوجية الشعب المصرى الذى يهتم بالقيم والاخلاق .