على الرغم من مزايا نظام محاسبة تكاليف الانشطة والمتمثلة في توفير معلومات تتصف بالدقة والتي تساعد الإدارة في اتخاذ قرارتها وتخطيط ورقابة التكاليف إلا أن هناك بعض الانتقادات الموجهة إلى نظام التكلفة على اساس الانشطة :-
أن نظام محاسبة تكاليف الانشطة ما هو إلا تطوير لنظام التكاليف المتعارف عليها والتي تعتمد في تحميل وتخصيص التكاليف الصناعية غير المباشرة على علاقة السبب – النتيجة مع إجراء تفاصيل أكثر في مراكز الأنشطة .
إن كفاءة استخدام نظام تكاليف الأنشطة تعتمد بصفة رئيسية على الاختيار السليم لمسببات التكلفة، وذلك ليس بالأمر السهل ومن الضروري تحديد أفضل مسبب لتكلفة النشاط ودراسة الآثار السلوكية لها .
إن تطبيق تكاليف الأنشطة يتطلب تكلفة مرتفعة وجهداً كثيراً وهذا ما يجعل العديد من المنشآت الصناعية تتردد في استخدامه .
إن أهم انتقاد تعرض له هذا النظام هو صعوبة التطبيق واختيار مسببات التكلفة، الأمر الذي يتطلب الاستعانة بخبرات خارجية متخصصة وإعادة تدريب الكادر المحاسبي.
إن تكلفة تطبيق نظام التكاليف على اساس الأنشطة مرتفعة عموما، لذلك يجب الموازنة بين التكلفة والمنافع. ولكن في الأجل الطويل فإن النظام يحقق منافع جمة خصوصا في مجال الرقابة التكاليفية وتحسين الأداء الإداري وفتح مجالات واسعة لتخفيض التكلفة.
إن تطبيق النظام لا يتم إلا في سياق إجراء تغيير إداري شامل وضمن منظومة إدارة الجودة الشاملة مع التوجه نحو جعل مسألة إرضاء الزبائن مسألة محورية توجه الإنتاج وجميع أنشطة المنظمة. ولكن هذا الانتقاد نفسه ينقلب ليصبح تطبيق النظام ميزة، لا بل ضرورة، في ظل تنافس شديد محليا وعالمياً.


كما أن التجارب العلمية في بعض الشركات أثبتت أن تطبيق هذا النظام ليس في جميع الأحوال ذا عائد يفوق تكلفة التطبيق فقد تبين انه كلما اتجه حجم المنشاة الى الصغر مثل منشات الانتاج الفوري, حيث تتعدد الطلبيات مع صغر حجم الطلبيات فان تجميع البيانات اللازمة للحصول على معلومات التكلفة حسب الانشطة يعتبر مكلفا للغاية بما يتعارض بنفس الوقت مع اعتبار وهدف تخفيض التكلفة الذي تنشده تلك المشروعات وهو ما يعطي مبررا مقنعا لعدم التطبيق الكامل لها النظام او قصور تطبيقه.
وهذا يفسر عدم الانتشار الواسع لنظام التكاليف على اساس النشاط في اليابان حيث يوجد تعارض بين تطبيقه الذي ينتج عنه ارتفاع تكلفة القياس ونظام ألـ just in time الذي يقوم على اساس تخفيض التكلفة بشتى الطرق والوسائل وهو الأمر الذي شجع الشركات اليابانية على تطبيق نظم أخرى للتكاليف مثل نظام التكلفة بالتدفق العكسي وذلك بهدف الوصول الى تخفيض التكلفة.