هناك عدة أهداف لنظام الرقابة الداخلية منها:
1- التحكم في المؤسسة: يعتبر التحكم في أهداف المؤسسة التي تسعى لتحقيقيها من أهم أهداف مجلس الإدارة والمسئولين التنفيذيين, ويحدث هذا عن طريق التنفيذ الصارم والدقيق لمختلف التعليمات وعليه فإن تصميم وتطبيق نظام رقابي هو من مسؤولية الإدارة والمسيرين.
2- حماية أصول المشروع: ويقصد بها حماية المؤسسة لأصولها وسجلاتها حماية فعلية ونجد في هذا المجال حمايتين الأولى مادية ويقصد بها حماية الأصول من الأخطار التي يمكن أن تتعرض له من جراء العوامل الخارجية من سرقة أو تلف إذا لم تحفظ في مخازن مهيأة خصيصا لذلك أما الحماية الثانية فهي محاسبية ويقصد بها ارتباط التسجيلات بالحركات الفعلية للأصول وتتضمن جميع تحركاتها حتى يمكن متابعتها بدقة مثل استلام المواد وإدخالها إلى المخزن وعملية الاستثمار وغيرها من الحالات.
3- ضمان الدقة وجودة المعلومات: ( )ويعتبر أهم الأهداف على الإطلاق, بحيث يوفر سواء للمؤسسة أو لغيرها المعلومات الصحيحة والدقيقة عن المؤسسة، وبالتالي اتخاذ قرارات تكون صائبة في معظمها، وبالتالي فوجود أي ثغرات في هذا النظام قد يؤثر سلبا على المؤسسة وعلى المتعاملين معها كذلك وهذا يؤدى إلى عدم دقة وصحة المعلومات المقدمة وبالتالي رهن مستقبل المؤسسة.
ضمان تطبيق المعلومات:
وهذا بغرض التأكد من جميع التعليمات المكتوبة وغير المكتوبة قد تم تنفيذها كما يجب، وعليه فقبل إصدار هذه التعليمات يجب التأكد من أن التعليمة ذات هدف واضح ومناسبة وبسيطة وموجهة لمسؤولين وأشخاص محددين، بعد ذلك يتم التأكد من أن التنفيذ قد تم بكل صرامة.
4- تحسين ورفع الأداء:وهذا ما نلاحظه من خلال التعاريف السابقة من حيث نجد أنها ركزت على عنصر رفع الكفاءة الإنتاجية للمؤسسة التي هي قدرة المؤسسة في الوصول إلى الهدف الذي حددته سابقا في إطار وظيفة معينة، أما عنصر الفعالية فهو أقل تركيز والذي يقصد به تحقيق المؤسسة لجزء من أهدافها بأقل التكاليف مع المحافظة على نفس الجودة والنوعية، هذه الأهداف يمكن تحقيقها في ظل وجود نظام معلوماتي ذا جودة عالية من الكم والكيف.