يتضمن دور التدقيق الداخلي تدقيق النظام المحاسبي ونظم الرقابة الداخلية ذات العلاقة ومراقبة عملياتها ، وتقديم التوصيات لتحسينها ، وكذلك تدقيق الوسائل المستخدمة في القياس والإفصاح عن المعلومات المالية والتشغيلية ، وعمل استفسارات خاصة لبنود معينة من ضمنها اختبارات تفصيلية للمعاملات والأرصدة والإجراءات. ولذا ، يجب على المدقق الخارجي للمصرف ، للاستفادة من عمل قسم التدقيق الداخلي ، التركيز على الجوانب التالية :


- خصوصية المصارف التي لديها انتشار جغرافي واسع للفروع.


- غالباً ما يكون لدى المصرف قسم لفحص القروض ، كجزء من قسم التدقيق الداخلي ، أو كقسم مستقل بذاته ، يقدم تقارير للإدارة حول نوعية القروض ، ومدى الالتزام بالإجراءات الموضوعة لذلك. الأمر الذي يتطلب من المدقق تقييم أداء تلك الأقسام للاستفادة منها ، إلى جانب قسم التدقيق الداخلي.


- إدراك القيود الملازمة للرقابة الداخلية للمصرف ، ومستويات المخاطر الملازمة ومخاطر الرقابة التي تم تقييمها.


- مراعاة تأثير العوامل البيئية التي تعمل فيها الرقابة الداخلية للمصرف من حيث الهيكل التنظيمي للمصرف ، وطريقة تفويض السلطات والمسئوليات ، نوعية الإشراف الإداري، ومدى فعالية كل من التدقيق الداخلي وإدارة المخاطر ، وكفاءة ومهارة رؤساء الأقسام ، وطبيعة ونطاق الفحص بواسطة السلطات الرقابية للمصرف.


- أهمية الحصول على تأكيد مناسب يتعلق باكتمال وصحة السجلات المحاسبية ، من خلال التأكد من تسجيل المعاملات المصرفية بطريقة قابلة للتدقيق الداخلي ، وبواسطة عملاء البنوك والأطراف الأخرى. ويوفر معيار التدقيق الدولي رقم (610) إرشادات ملائمة حول استخدام عمل التدقيق الداخلي.